Třetí komora je jednou ze čtyř komor v mozku, které spolu komunikují. Stejně jako u ostatních mozkových komor je naplněn mozkomíšním mokem, který pomáhá chránit mozek před zraněním a transportovat živiny a odpad. Třetí komora je úzká dutina, která se nachází mezi dvěma polovinami mozku.
Třetí komora odesílá zprávy a přijímá zprávy z postranních komor, které jsou umístěny před třetí komorou, a akvaduktu středního mozku, který je umístěn přímo za třetí komorou. Hypotalamus a thalamus jsou umístěny po stranách třetí komory.
Abnormality třetí komory jsou spojeny s různými stavy včetně hydrocefalu, meningitidy a ventrikulitidy. Hydrocefalus je nadměrné nahromadění tekutiny v mozku. Meningitida je zánět membrán pokrývajících mozek a míchu, zatímco ventrikulitida je zánětlivý stav komor. Meningitida a ventrikulitida mohou být způsobeny traumatem komory, včetně třetí komory, ačkoli traumatická meningitida je vzácná.
Zvětšená třetí komora byla spojována s psychiatrickými chorobami, jako je schizofrenie; přesnost této teorie však nebyla přesvědčivě prokázána.